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Joomla!のITP Google Search extensionでGoogleカスタム検索を自サイトに設置する

Joomla!のデフォルトのサイト内検索やスマート検索に不満があるため、Googleカスタム検索を替わりに設置することにした。Googleカスタム検索は無料版だと広告が出るものの、有用なラベリング機能があり、自サイト以外も検索対象にできる他、Googleの本家の検…

Newick形式ファイルをPretty Printで整形したい

前回示したように、Newick形式は目で見て編集するにはあまり可読性が良くない。そこで、何とか見やすく表示させるために、Pretty Printな整形をおこなえば良いと考えた。 Pretty Printとは Wikipedia英語版によると、 プログラムのソースコードや、マークア…

Newick形式のファイルを修正して多分岐の系統樹を作成する

MEGAで系統樹を作成してNewick形式で保存した。この後Bootstrap値が低い分岐の部分を、多分岐の枝で記述することにした。 他のアプリケーションで適当なやり方があると思ったが、探しても見つからず。このNewick形式を手作業で編集するのが相当苦痛だったの…

PAML-XでGUI環境のPAMLを試してみる

dN/dS検定の勉強のため、こちらのサイト*1の序盤を参考にさせていただき、PAMLの導入と実行をおこなった。またGUI環境で実行できるPAML-Xが公開されていたので実行してみた。 【環境】 Windows8.1(64bit) 【手順】 1. PAMLのサイトにアクセスし、「Downloadi…

Microsoft Officeでオンライン画像を挿入する時に「パブリックドメイン」のクリップアート画像のみ表示させる

(この文章は著作権についてそれほど詳しい人が書いたわけではないので、表現の正確性についてはお目こぼしください) 【状況】 Microsoft Officeの「クリップアート挿入」の機能は、Office2007以降、オンラインから画像を探して、利用者自身が元サイトの情…

Windows8とVirtualBoxのバージョンアップの際に起こった仮想マシン起動失敗について

Windows8上のVirtualBoxで仮想OSを使っていた。あるタイミングでWindowsを8.1にアップデートし、その後でVirtualBoxをバージョンアップしたところ、VirtualBox上の仮想OSの起動に失敗するようになってしまった。【環境】発生環境:Windows8.1VirtualBox 5.0.…

Perlのシステム関数のエラー(pdftotext関連?)

結局原因不明だが、Perlのシステム関数ではまったのでメモ。Perlスクリプト内から以下のシェルを実行することにした。 pdftotext*1で、あるPDFファイル(ここではdata.pdf)からテキスト抽出してファイル(test.txt)に格納する あるPDFファイル(ここではda…

RepeatMaskerのエラー2件

deerのゲノムをRepeatMaskerでマスクしようとしていたら、2件のエラーが起こった。備忘として以下に記述する。 やろうとしていたこと deer.fastaの情報を、RepeatMaskerの生物種ruminantiaでマスクしようとした。 問題1 以下のようにRepeatMaskerを実行した…

先史時代の人類がシヴァテリウムに遭遇した可能性について

(左図)Evolution of the vertebrates : a history of the backboned animals through time Edwin H. Colbert Wiley, c1969 2nd ed. P.437 より転載 絶滅したキリンの一種、シヴァテリウム(シバテリウム=Sivatherium)に興味があり、色々調べている。その…

VMware player上のCentOS7にDockerをインストールする

Windows8.1上のVMware player上のCentOS7仮想環境に、Dockerをインストールした。最初はCentOS6.5環境に導入しようとしていたが、はまったので諦めてCentOS7をホストとした。 環境情報 VMware player 6.0.4 build-2249910 仮想メモリ:4GB プロセッサ:1コア …

GitHub for Windowsでsyncが失敗する

2015年3月13日頃、なぜかGitHub for Windowsのsyncが必ず失敗するようになった。3月17日には自然と回復したが、当時の状況と解決策を以下に記述する。 状況 あるレポジトリにGitHub for windowsからファイルをCommitしてsyncを行っていた。Aboutからバージョ…

RstudioのインストーラがSymantec Endpoint Protectionにリスクとして検出された

RとRstudioをWindows8.1(64bit)に入れようとして、http://www.cwk.zaq.ne.jp/fkhud708/files/R-prg-intro/R-prg-intro_01.pdfを参考にインストールを行った。 Rについてはほぼこのまま、Rstudioは、ダウンロードサイトをhttps://www.rstudio.com/ide/downloa…

CentOSの仮想環境にRepeatMaskerをインストール

Repeatmaskerをローカルで実施するため、WindowsのVMware上の仮想環境CentOSにインストール作業を行った。この手順を以下に示す。 参考 http://sc.hgc.jp/japanese/utili_info/manual/RepeatMasker.htmlhttp://ib.ibio.jp/?RepeatMasker%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A…

2014年NARデータベース特集号・NCBIのデータベースリソース

タイトル:Database resources of the National Center for Biotechnology Information記事情報:Nucl. Acids Res. (1 January 2014) 42 (D1): D7-D17 doi:10.1093/nar/gkt1146元ページ:http://nar.oxfordjournals.org/content/42/D1/D7.full 【概要】NCBI…

プライマー設計のためにcprimerを68k macにインストールする

テンプレートゲノムにアニールするヌクレオチド設計を感覚的にGUIで実行できるcprimerというソフトがあり、個人的に愛用している。 このソフトはGreg BristolとRobert Andersonの著作となっているが、Bob Andersonは1995年に故人となっており、Robert Anders…

GitHub for Windowsのインストール

PCを新しくしてGitHub for Windowsをインストールしようとしたら、前と結構変わっていて、一部はまったところがあったためメモ。 既にアカウントを持っていて、特にリポジトリをクローンしたい方向けです。 意外とWeb上に手順が無くて、皆さん律儀にCUIコン…

Windows8.1で68k Macを動かす3 ~OSを漢字Talk7.5.3にアップデートする

前回Windows8.1上のBasiliskIIを使って、Mac OSのsystem7をエミュレーションする環境を構築した。 今回は日本語入力が可能で対応アプリケーションも多い、漢字Talk7.5.3にOSをアップデートする。 しかし、肝心の漢字Talk7.5.3のOSデータは、以前appleが公開…

Windows8.1で68k Macを動かす2 ~system7を動かす

前回の続き。記事自体は長くなりそうなので分割して投稿する。 まずsystem7.0を動かす。68k Macを動かすという目的だけならこれで完了となる。 必要なファイル 最低限必要なファイルは以下の通り。 ROM 68k世代のMacintosh実機から抽出したもの system70_boo…

Windows8.1で68k Macを動かす1

あるソフトを使うため、以前からWindows上で68k Macのエミュレータ(BasiliskII)を動かしている。今回、メイン機がWindows8.1に移ったので、Macエミュレーション環境の構築を行った。その手順を記述する。過去、2000、XP、VISATA、7において大体うまくいっ…

2014年NARデータベース特集号・NARオンライン分子生物学データベースコレクションのアップデート

タイトル:The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection記事情報:Nucl. Acids Res. (1 January 2014) 42 (D1): D1-D6. doi: 10.1093/nar/gkt1282元ページ:http://nar.oxfordjournals…

JBioWHバイオインフォマティクスデータの統合のためのオープンソースJavaフレームワーク

タイトル:JBioWH: an open-source Java framework for bioinformatics data integration記事情報:Database (2013) 2013 : bat051 doi: 10.1093/database/bat051元ページURL:http://database.oxfordjournals.org/content/2013/bat051.abstract Java Bio…