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Newick形式のファイルを修正して多分岐の系統樹を作成する

MEGAで系統樹を作成してNewick形式で保存した。この後Bootstrap値が低い分岐の部分を、多分岐の枝で記述することにした。 他のアプリケーションで適当なやり方があると思ったが、探しても見つからず。このNewick形式を手作業で編集するのが相当苦痛だったの…

Perlのシステム関数のエラー(pdftotext関連?)

結局原因不明だが、Perlのシステム関数ではまったのでメモ。Perlスクリプト内から以下のシェルを実行することにした。 pdftotext*1で、あるPDFファイル(ここではdata.pdf)からテキスト抽出してファイル(test.txt)に格納する あるPDFファイル(ここではda…

RstudioのインストーラがSymantec Endpoint Protectionにリスクとして検出された

RとRstudioをWindows8.1(64bit)に入れようとして、http://www.cwk.zaq.ne.jp/fkhud708/files/R-prg-intro/R-prg-intro_01.pdfを参考にインストールを行った。 Rについてはほぼこのまま、Rstudioは、ダウンロードサイトをhttps://www.rstudio.com/ide/downloa…

CentOSの仮想環境にRepeatMaskerをインストール

Repeatmaskerをローカルで実施するため、WindowsのVMware上の仮想環境CentOSにインストール作業を行った。この手順を以下に示す。 参考 http://sc.hgc.jp/japanese/utili_info/manual/RepeatMasker.htmlhttp://ib.ibio.jp/?RepeatMasker%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A…

プライマー設計のためにcprimerを68k macにインストールする

テンプレートゲノムにアニールするヌクレオチド設計を感覚的にGUIで実行できるcprimerというソフトがあり、個人的に愛用している。 このソフトはGreg BristolとRobert Andersonの著作となっているが、Bob Andersonは1995年に故人となっており、Robert Anders…

GitHub for Windowsのインストール

PCを新しくしてGitHub for Windowsをインストールしようとしたら、前と結構変わっていて、一部はまったところがあったためメモ。 既にアカウントを持っていて、特にリポジトリをクローンしたい方向けです。 意外とWeb上に手順が無くて、皆さん律儀にCUIコン…

Windows8.1で68k Macを動かす3 ~OSを漢字Talk7.5.3にアップデートする

前回Windows8.1上のBasiliskIIを使って、Mac OSのsystem7をエミュレーションする環境を構築した。 今回は日本語入力が可能で対応アプリケーションも多い、漢字Talk7.5.3にOSをアップデートする。 しかし、肝心の漢字Talk7.5.3のOSデータは、以前appleが公開…

Windows8.1で68k Macを動かす2 ~system7を動かす

前回の続き。記事自体は長くなりそうなので分割して投稿する。 まずsystem7.0を動かす。68k Macを動かすという目的だけならこれで完了となる。 必要なファイル 最低限必要なファイルは以下の通り。 ROM 68k世代のMacintosh実機から抽出したもの system70_boo…

Windows8.1で68k Macを動かす1

あるソフトを使うため、以前からWindows上で68k Macのエミュレータ(BasiliskII)を動かしている。今回、メイン機がWindows8.1に移ったので、Macエミュレーション環境の構築を行った。その手順を記述する。過去、2000、XP、VISATA、7において大体うまくいっ…