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JBioWHバイオインフォマティクスデータの統合のためのオープンソースJavaフレームワーク

タイトル:JBioWH: an open-source Java framework for bioinformatics data integration
記事情報:Database (2013)   2013   :  bat051  doi: 10.1093/database/bat051
元ページURL:http://database.oxfordjournals.org/content/2013/bat051.abstract

 Java BioWareHouse(JBioWH)プロジェクトはオープンソースでプラットフォームに依存しないプログラムフレームワークだ。これを使うことで、利用者は統合データベースを、もっともよく知られたデータソースから構築することができる。

 JBioWHは複数のデータソースに対する強力な問合せ機能を持ち、ローカルPCで合理的でタスクごとに特異化されたデータセットを作成することができる。JBioWHはMySQLデータベーススキームに基づいており、20の公共データベース(NCBIKEGGなど)のデータを取得するためのJAVA APIによるパーサ機能を備えている。さらにプログラマ以外の利用者がデータを問い合わせるための、クライアントアプリケーションも備えている。さらに、JBioWHは、ハイスループット解析やCPUに負担をかける計算などの大量の問合せが生じるような、特殊な状況で利用されるために調整されている。

 ProjectのWebサイト(http://code.google.com/p/jbiowh)から、このフレームワークの完全な仕様書や利用例が提供されている。検証用MySQLサーバがhydrax.icgeb.trieste.it:3307 から提供されている。

データベースのURL:http://code.google.com/p/jbiowh