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2014年NARデータベース特集号・NARオンライン分子生物学データベースコレクションのアップデート

斜め読み NAR DB issue

タイトル:The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection
記事情報:Nucl. Acids Res. (1 January 2014)   42  (D1):  D1-D6. doi: 10.1093/nar/gkt1282
元ページ:http://nar.oxfordjournals.org/content/42/D1/D1.full

 

【概要】
 58の新しい分子生物学データベースが追加され、123のデータベースのアップデートが確認された。issueはカテゴリによって8セクションに分けられた。このissueでは、転写因子のバインディングサイトのデータベース6件と、CAZy DGV dbGaP DrugBank KEGG miRBase Pfam Reactome SEED TCDB UniProtをハイライトする。

 構造データベースは、PDBe PDBsum ArchDB Gene3D ModBase Nucleic Acid Database 最近復活したiPfamを含んでいる。NCBI'sMMDBのアップデートは、タンパク質構造比較のツールVAST+(Vector Alignement Search Tool)を説明するものとなった。2つの論文ではSCOP(タンパク質構造分類)データベースに焦点を当てており、1つはSCOPeを説明している。他の1つはSCOP2の最初のバージョンについて説明している。また、微生物の分類、メタゲノムコレクションに関するものも追加された。LPSN(List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature: 原核生物の名前のリストと命名法の提案)、RDP(リボソームデータベースプロジェクト)、SILVA/LTPプロジェクト、そしていくつかの新しいメタゲノムに関するリソースに関するものが含まれている。NAR online Molecular Biology Database Collectionは、1552データベースに増えた。

 

【他】
DB issueとしては21回目となり、これまでで最大規模の185論文から構成されている。様々な人からの意見を取り入れ、データベースカテゴリを以下の8セクションに分けた。

  1. nucleic acid sequence and structure, transcriptional regulation; 塩基配列と構造、転写制御
  2. protein sequence and structure, motifs and domains, protein–protein interactions;
     タンパク質の配列と構造、モチーフ、ドメイン、タンパク質間相互作用
  3. metabolic and signalling pathways, enzymes, protein modification;
     代謝とシグナルパスウェイ、酵素、タンパク質修飾
  4. viruses, bacteria, protozoa and fungi;
     ウイルス、バクテリア、原生動物、真菌
  5. human genome, model organisms, comparative genomics;
     ヒトゲノム、モデル生物、比較ゲノム
  6. genomic variation, diseases and drugs;
     ゲノムバリエーション、疾患と医薬品
  7. plant databases; and
     植物データベース
  8. other molecular biology databases.
     他の分子生物学データベース

 タンパク質データベースは、いつものUniProtとKEGGのアップデートを含んでおり、同様にPfam eggNOG ELM FireDB SEED SIMAP TCDBもアップデートされた。また新しい2つのデータベース:HRaPとRepeatsDBが加わった。NAR Online Molecular Biology Database Collectionでは新しく193件を追加し、反応のない24件を削除し、1552件となった。これを14カテゴリと41サブカテゴリに分類した。