前回示したように、Newick形式は目で見て編集するにはあまり可読性が良くない。そこで、何とか見やすく表示させるために、Pretty Printな整形をおこなえば良いと考えた。 Pretty Printとは Wikipedia英語版によると、 プログラムのソースコードや、マークア…

MEGAで系統樹を作成してNewick形式で保存した。この後Bootstrap値が低い分岐の部分を、多分岐の枝で記述することにした。 他のアプリケーションで適当なやり方があると思ったが、探しても見つからず。このNewick形式を手作業で編集するのが相当苦痛だったの…

dN/dS検定の勉強のため、こちらのサイト*1の序盤を参考にさせていただき、PAMLの導入と実行をおこなった。またGUI環境で実行できるPAML-Xが公開されていたので実行してみた。 【環境】 Windows8.1(64bit) 【手順】 1. PAMLのサイトにアクセスし、「Downloadi…

（この文章は著作権についてそれほど詳しい人が書いたわけではないので、表現の正確性についてはお目こぼしください） 【状況】 Microsoft Officeの「クリップアート挿入」の機能は、Office2007以降、オンラインから画像を探して、利用者自身が元サイトの情…

Windows8上のVirtualBoxで仮想OSを使っていた。あるタイミングでWindowsを8.1にアップデートし、その後でVirtualBoxをバージョンアップしたところ、VirtualBox上の仮想OSの起動に失敗するようになってしまった。【環境】発生環境：Windows8.1VirtualBox 5.0.…

結局原因不明だが、Perlのシステム関数ではまったのでメモ。Perlスクリプト内から以下のシェルを実行することにした。 pdftotext*1で、あるPDFファイル（ここではdata.pdf）からテキスト抽出してファイル（test.txt）に格納する あるPDFファイル（ここではda…