2016-11-01から1ヶ月間の記事一覧

Newick形式ファイルをPretty Printで整形したい

前回示したように、Newick形式は目で見て編集するにはあまり可読性が良くない。そこで、何とか見やすく表示させるために、Pretty Printな整形をおこなえば良いと考えた。 Pretty Printとは Wikipedia英語版によると、 プログラムのソースコードや、マークア…

Newick形式のファイルを修正して多分岐の系統樹を作成する

MEGAで系統樹を作成してNewick形式で保存した。この後Bootstrap値が低い分岐の部分を、多分岐の枝で記述することにした。 他のアプリケーションで適当なやり方があると思ったが、探しても見つからず。このNewick形式を手作業で編集するのが相当苦痛だったの…