2014年NARデータベース特集号・NCBIのデータベースリソース

NAR DB issue 斜め読み

タイトル：Database resources of the National Center for Biotechnology Information
記事情報：Nucl. Acids Res. (1 January 2014) 42 (D1): D7-D17 doi:10.1093/nar/gkt1146
元ページ：http://nar.oxfordjournals.org/content/42/D1/D7.full

 

【概要】
NCBIはGenBankの塩基配列データベースのメンテナンスだけでなく、
GenBankや利用可能な他のデータベースの解析環境や取得環境も提供している。
NCBIのリソースには、Entrez、the Entrez Programming Utilities、MyNCBI、
PubMed、PubMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、
BLAST、BLAST Link、Primer-BLAST、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome and related tools、the Map Viewer、Trace Archive、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/Human Protein Interaction Database、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystems、
Protein Clusters and the PubChem suite of small molecule databases.
が含まれる。
増加し続けるWebアプリケーションには、特化したデータセットを検索するよう最適化されたカスタム版BLASTプログラムを実装している。
これらのすべてのリソースはNCBIホームページからアクセス可能である。

 

【他】
NCBIは1988年にできた。
以下の１３項目についてそれぞれ該当するデータベースやコンテンツの説明を行っている。

no. カテゴリ 例
1 最近の開発物 ClinVar、MedGen、PubReader、SciENcv、PubMed updates、BLAST updates、Gene updates、Genome updates、RefSeq updates、Taxonomy updates
2 NCBIガイドとEntrezシステム The NCBI GuideとEntrez databases、Data sources and collaborations、Entrez Programming Utilities
3 文献 PubMed、PubMed Central、NLM Catalog、Medical Subject Headings、NCBI Bookshelf
4 Taxonomy NCBI Taxonomy
5 DNAとRNA RefSeq、GenBank and other sources、PopSet、Sequence Read Archive、Trace Archive、BioSample
6 蛋白質 RefSeq、GenBank and other sources、Protein Clusters、HIV-1/Human Protein Interaction Database
7 BLAST配列解析 BLAST software、BLAST databases、BLAST output formats、Genomic BLAST、Primer-BLAST、COBALT
8 遺伝子と発現 Gene、RefSeqGene、The Conserved CDS Database、Gene Expression Omnibus、UniGene、HomoloGene、Probe、Biosystems
9 ゲノム BioProject、Genome Reference Consortium、Clone Database、Epigenomics、Influenza Genome Resources
10 遺伝学と医学 dbGap、dbVar、dbSNP、OMIA、dbMHC,dbLRC and dbRBC
11 化学とバイオアッセイ PubChem
12 ドメインと構造 Molecular Modeling Database、Conserved Domain Database
13 更なる情報 その他