JBioWHバイオインフォマティクスデータの統合のためのオープンソースJavaフレームワーク

タイトル：JBioWH: an open-source Java framework for bioinformatics data integration
記事情報：Database (2013)   2013   :  bat051  doi: 10.1093/database/bat051
元ページＵＲＬ：http://database.oxfordjournals.org/content/2013/bat051.abstract

　Java BioWareHouse(JBioWH)プロジェクトはオープンソースでプラットフォームに依存しないプログラムフレームワークだ。これを使うことで、利用者は統合データベースを、もっともよく知られたデータソースから構築することができる。

　JBioWHは複数のデータソースに対する強力な問合せ機能を持ち、ローカルPCで合理的でタスクごとに特異化されたデータセットを作成することができる。JBioWHはMySQLデータベーススキームに基づいており、20の公共データベース（NCBIやKEGGなど）のデータを取得するためのJAVA APIによるパーサ機能を備えている。さらにプログラマ以外の利用者がデータを問い合わせるための、クライアントアプリケーションも備えている。さらに、JBioWHは、ハイスループット解析やCPUに負担をかける計算などの大量の問合せが生じるような、特殊な状況で利用されるために調整されている。

　ProjectのWebサイト（http://code.google.com/p/jbiowh）から、このフレームワークの完全な仕様書や利用例が提供されている。検証用MySQLサーバがhydrax.icgeb.trieste.it:3307　から提供されている。

データベースのURL：http://code.google.com/p/jbiowh